ساختار مؤسسه از دو سطح ستاد و صف تشکیل گردیده است.

الف) حوزه ستاد
در حوزه ستاد امور برنامه‌ریزی، سازماندهی، تهیه ضوابط و مقررات، آیین‌نامه‌های اجرایی، تأمین منابع مالی، تهیه استانداردهای خدمت‌رسانی و به‌کارگیری منابع انسانی، نظارت و ارزیابی عملکردها و دیگر امور ستادی انجام می‌شود.

ب) حوزه صف
به منظور انجام عملیات اجرایی در سطح استان‌ها و شهرستان‌ها، دفاتر مؤسسه در شش استان با حضور نماینده مؤسسه و مددکاران اجتماعی تشکیل گردیده است.

بر این باوریم که می‌توان با بهره‌گیری از ظرفیت‌های سازمان‌های حمایتی کشور در استان‌ها و شهرستان‌ها، ساختار مؤسسه را به حداقل رساند.